مسجد حنانه در محله حنانه در شمال شرقي ميدان ثوره العشرين در 2.5 كيلومتري شمال شرقي حرم امام علي(ع) در خيابان اصلي نجف – كوفه و در نزديكي مرقد كميل بن زياد قرار دارد.
براي مسجد حنانه دو روايت ذكر شده :
1- در دوران خلافت امام علي(ع) در كوفه، در اين محل عمارتي بوده كه وقتي پيكر پاك امام علي(ع) را از كوفه به نجف مي بردند؛ در حين عبور از اين منطقه آن عمارت به احترام پيكر خم شده است.
2- در هنگام عبور سرهاي مطهر شهداي كربلا از اين محل ، سر مبارك امام حسين(ع) مدتي در اينجا نگهداري شده و اين زمين در عزاي حسيني ناله سر داده است.
اعمال وارده اين مسجد زيارت امام حسين(ع) و نماز زيارت سيدالشهداء است ، در روايات است كه وقتي امام صادق(ع) وارد شهر نجف و كوفه شدند در سه جا از اسب پياده شده ، سلام داده و به نماز پرداختند ، اولي مزار امام علي(ع)، دومي مسجد حنانه و موضع راس الحسين(ع)، و سوم مقام امام زمان(عج) در وادي السلام
مسجد حنانه ضريح كوچكي دارد و در نزديكي مسجد فوق، مقبره "الثويه " واقع است كه بسياري از ياران و صحابه امام علي ( عليه السلام ) در آن جا دفن شده اند .
امام صادق (عليه السلام) در اين محل فرود آمده و نماز خوانده‌اند. هنگامي كه علت را پرسيدند، فرمودند: «وقتي سرهاي شهيدان كربلا را به كوفه مي‌آوردند تا نزد عبيد الله بن زياد لعنت الله عليه ببرند، سر مقدّس حضرت سيد الشهدا (عليه السلام) را در اين محل بر زمين نهاده اند.»